Surge en el año 2016 bajo el auspicio de la Oficina del Historiador de la Ciudad y el Lyceum Mozartiano de La Habana, con el apoyo de la Fundación Mozarteum de Salzburgo y el Balthasar Neumann Ensemble. La dirección titular está a cargo del maestro José Antonio Méndez Padrón y la dirección general es del maestro Ulises Hernández, ambos fundadores. La Orquesta del Lyceum de La Habana está integrada por músicos graduados de la Universidad de las Artes (ISA). En el propio 2016 grabó el disco Mozart in Havana, bajo el sello Sony Classical, junto a la pianista Simone Dinnerstein, que mereció el premio internacional Cubadisco 2018. Han compartido la escena con destacados solistas como Sarah Willis, Renaud Capuçon, Matthias Göerne, y con directores como Thomas Hengelbrock y Ronald Zollman, entre otros.